To, co jest najbardziej ryzykowne w związku z zainfekowaniem dwoinką rzeżączki, to zapalenie organów miednicy mniejszej. Występują wtedy bóle brzucha, bolesność w trakcie stosunku, krwawienia międzymiesiączkowe i gorączka. Niestety, nie wychwycona w odpowiednim momencie i nie uleczana dolegliwość może uszkodzić wyściółkę jajowodu, prowadząc do jego bliznowacenia i w wyniku, w wielu przypadkach, do bezpłodności. Może się także zdarzyć, iż bliznowacenie jest tylko częściowe. Wtedy zapłodnione jajo zatrzymuje się "na przeszkodzie" w drodze do jamy macicy. Nie obumiera jednak, lecz rozwija się dalej (najczęściej w jajowodzie) - w ten sposób powstaje ciąża jajowodowa (albo szerzej - pozamaciczna albo ektopowa). Jest to bardzo niebezpieczny stan, albowiem ciąża nie kończy się wcale porodem. Przeciwnie - jajowód pęka, a przerwane naczynia krwionośne są źródłem istotnego krwotoku i wstrząsu. Jeżeli nie zareaguje się należycie wcześnie, może dojść do zgonu. Innym, bardzo rzadkim powikłaniem jest rozprzestrzenienie się infekcji z dróg rodnych do stawów na drodze krwionośnej. Równie rzadkie jest rzeżączkowe zapalenie jąder u mężczyzn, co jednakże tak jak u kobiet może skończyć się bezpłodnością.